昙花梦第1集：历经八年浴血奋战，中华民族终于取得抗战胜利。1945年九月九日，中国政府在南京正式接受日本投降。此时的南京吸引了全世界的目光。为了确保受降仪式万无一失，警察署长霍然亲自视察安保现场，他发现警察厅长莫采石竟然没到现场，很是生气。日军为了保住最后的尊严，准备在我举国庆祝胜利的时候，把他们进行细菌实验的五九档案秘密运出南京。得知消息的蒋介石...

第6集：刘勇被击毙 线索又中断

欧阳倩让关天平拿出莫采石让程慈航亲审皮三的指令，严达庆才怒气冲冲地离开。继续审问皮三得知，原来刘勇就是在Du场调戏欧阳倩，被程慈航教训了一顿的那个痞子。这时，莫采石进来探听消息，程慈航谎称只是一些皮毛，没发现其他线索。

警局内部暗流涌动，各方势力勾心斗角。刘阿长向严达庆密报程慈航的动向，严达庆找到师傅霍然，抱怨莫采石一直暗中帮助程慈航帮助。霍然为自己把程慈航任命为独立大侦探后悔不已，他让严达庆放出一些假消息，干扰程慈航办案，然后摸清程慈航的思路，再顺着程慈航的思路侦查案件。得了主意的严达庆立即调集所有警力搜查刘勇，这时，欧阳倩遵照程慈航的安排把刘勇的画像送了过来，便于刑侦队四处搜查刘勇。

这边，程慈航认为瘾君子刘勇有可能待在烟馆里吸食鸦片。欧阳倩找到师妹李丽兰，让她帮助自己查查刘勇的下落，不久就找到了刘勇的落脚之地。程慈航等人立即赶到济昌茶馆四周埋伏下来。这时，程慈航发现刘勇马上要进入茶馆，他们准备等刘勇进去再瓮中捉鳖。不料，刚刚得到消息就从车站匆匆赶到的严达庆立功心切。鸣枪示警，刘勇匆匆逃到附近的宴福酒楼。程慈航搜查发现，有位女士神色极不自然。程慈航马上要求顾客撤离出来，空荡荡的大厅里只剩那位神色不安的女士，原来他被刘勇用枪顶住腰部。眼看刘勇就要被围上来的警察抓住，刘阿常假装害怕碰落了桌子上的酒壶，受惊的刘勇立即劫持人质站了起来。严达庆根本不顾及人质死活，一直恐吓刘勇。程慈航见此，急忙和欧阳倩分别从两边包抄过去。眼见程慈航将要活捉刘勇，严达庆唯恐程慈航抢了头功，忙让手下强攻。刘勇负隅顽抗，开枪射击。刘阿常见势不妙，一枪击中刘勇，刘勇应声倒地。眼见功亏一篑，再看严达庆不把弟兄们当回事，程慈航斥责严达庆。严达庆用枪指着程慈航，被程慈航一把扭过他的手臂让他向大家赔罪，刚刚赶到的马副官见势不妙急忙拉开二人。

严达庆感到颜面尽失，大发雷霆。这时，自称是三朝耗子的刘阿常小心翼翼地走了进来，严达庆对于这个给自己通风报信的旧警察渐生好感，让他继续盯着程慈航。

程慈航的所作所为让莫采石隐隐感到担忧。莫采石劝告程慈航不要因为和严达庆的矛盾让自己这个堂堂的厅长为难。听到这里，程慈航决定找霍总长澄清事实。同时，程慈航根据白天的事情，推测警察厅有人想故意制造混乱，此人可能是刘阿常。莫采石不同意程慈航把这事告诉霍然。

刘勇死后，五九档案的线索好像一下子就消失了，一直觊觎五九档案的各方势力为此均不惜一切代价。程慈航和欧阳倩讨论关于五九档案的有关问题，他认为各方势力都会把许老二当做目标。

欧阳倩陪着程慈航一起走回莫家，突然听到院子里传来怪异的声音，程慈航发现有人偷偷地在窗户上贴着胶带，连忙喝止，黑衣人持刀行凶，被程慈航几个回合就夺了过来。这时，在外面隐蔽的欧阳倩担心程慈航的安危，巡视四周后发现无人，赶忙过来帮忙。谁料越帮越忙，突然出来几个黑衣人，欧阳倩冲过去保护程慈航，自己被黑衣人刺伤。破案中的生死相依，让他们擦除了爱情的火花。

外面不太平，莫家也不消停，莫采石很是不解。马副官猜测应该是有人冲程慈航寻仇，马副官欲言又止，暗示莫采石让程慈航搬出去住。这时，程慈航回到家中，莫采石劝他为了这份档案丢掉生命，不值过！程慈航告诉莫叔叔，凡是有良知的中国人都会用五九档案揭露日本人的罪恶。这个年轻人的话让莫采石沉思良久。

程慈航把欧阳倩等人找过来寻求新的线索，表情不太自然的欧阳倩让刘阿常看出她和程慈航之间非同寻常的关系。刘阿常连忙借口肚子疼躲了出去。